Поскольку в VPS память лимитирована, а директадмин ставится с размахом, то нужно поубавить его аппетиты. Ну не столько его, сколько приложений.

1. Редактируем /usr/local/directadmin/conf/directadmin.conf:
numservers=2

2. Редактируем /etc/dovecot.conf:
protocols = imap pop3
(можно вообще pop3 оставить)
login_processes_count= (здесь от 2 до 5)

3.  /etc/httpd/conf/extra/httpd-mpm.conf

Ну здесь надо расчитать по памяти конечно. Значения могут быть и больше.

# prefork MPM
StartServers 2
MinSpareServers 2
MaxSpareServers 5
ServerLimit 32
MaxClients 32

Можно подумать на счет целесообразности KeepAlive.

Ну и затем рестартануть VPS.